Son sistemas jóvenes, a escala geológica. Las lagunas y la mayor parte de los lagos, permanecen desde pocas semanas o meses, (las estacionales), a varios cientos de años, las más duraderas. Con el paso del tiempo acaban llenándose de sedimentos y colmatándose. Por este motivo la diversidad de especies es baja pues, aunque por su aislamiento debía ser alta, su corta duración no da tiempo a la aparición de nuevas especies.
En un lago grande se distinguen las siguientes zonas:
- Zona litoral: con vegetación enraizada a lo largo de la orilla
- Zona limnética: aguas abiertas con fitoplancton.
- Zona profunda: con organismos heterótrofos por falta de luz suficiente para hacer fotosíntesis.
Lagos eutróficos y oligotróficos.
Según la abundancia de nutrientes (fosfatos y nitratos) en el lago se distinguen dos tipos:
- Eutróficos.- Con las aguas ricas en nutrientes lo que facilita la proliferación de las algas. Cuando las algas mueren son descompuestas por las bacterias en procesos aeróbicos que consumen el oxígeno. Al terminarse el oxígeno muchos restos orgánicos quedan depositados en el fondo sufriendo procesos anaeróbicos que desprenden H2S (malos olores) y otros gases, dando un aspecto nauseabundo a las aguas en los casos de eutrofización extrema.
En estos lagos la luz penetra con dificultad en el agua y los seres vivos que se encuentran son los característicos de las aguas pobres en oxígeno (barbos, tencas, gusanos, etc.)
- Oligotróficos.- Sus aguas son pobres en nutrientes y, por tanto, las algas no proliferan excesivamente, las aguas son claras y penetra la luz con facilidad, hay oxígeno en abundancia y la flora y la fauna es típica de aguas bien oxigenadas (truchas, larvas de libélulas, etc.)
Muchos lagos tienen en la actualidad importantes problemas de la eutrofización artificial. Les llegan muchos aportes de nutrientes procedentes de las actividades humanas, lo que origina un gran crecimiento de algas y de muchos organismos heterotróficos que hacen desaparecer el oxígeno, generándose procesos de anaerobiosis, y, por tanto, olor desagradable, desaparición de las truchas, etc.
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